Cet emplacement privilégié ne fut découvert qu’en 1769 et il fallut attendre l’arrivée des Espagnols pour qu’un fort (présidio) soit érigé et qu’une mission dédiée à Saint François d’Assises voit le jour en 1776. Ce n’est seulement qu’en 1836 que les premières habitations d’un village furent construites.
Ce sont les formidables migrations vers 1848, liées à la ruée vers l’or qui déclenche l’expansion de la ville. C’est également à cette époque que les premiers émigrants chinois s’installent dans ce qui devint Chinatown, un des quartiers les plus anciens de San Francisco.
En 1906, le terrible tremblement de terre et l’incendie qui suivit détruisit près de 75% de la ville. La ville comptait alors près de 450.000 hab. Un effort gigantesque de reconstruction fut mis en œuvre. Dans les grands travaux entrepris, la construction du Bay Bridge (1936) et du Golden Gate Bridge (1937) en sont les plus célèbres. Une partie de la population de déplaça vers les villes du sud, notamment à Los Angeles.